Sel Yayıncılık, 16 Mart 1993 yılında şirket hisselerinin yarı yarıya sahibi olan Selma Sancı ve İrfan Sancı tarafından İstanbul’da kurulmuştur. İlk şubesini 16 Nisan 1993 yılında İstanbul'da açan şirket, araştırma, çeviri ve telif kitapları başta olmak üzere farklı alanlarda yaptığı yayıncılığını sürdürmektedir.
Sel Yayıncılık’ın kuruluşundan itibaren şirketin müdürlüğünü üstlenen İrfan Sancı 6 Haziran 2005 tarihinde bütün hisselerini Hamit Erdem’e devretmiş, şirket müdürlüğüne şirket dışından devam etmiştir. Hamit Erdem, 7 Şubat 2013 tarihli kararla bütün hisselerini İrfan Sancı’ya devrederek ortaklıktan ayrılmıştır.
Yayınevi, 2010 yılında Türkiye Yayıncılar Birliği tarafından verilen Düşünce ve İfade Özgürlüğü Ödülü'ne, Memet Fuat anısına dağıtılan Memet Fuat Eleştiri/İnceleme, Deneme, Yayıncılık Ödülleri'ne ve Uluslararası Yayıncılar Birliği tarafından verilen IPA Yayın Özgürlüğü Ödülü'ne; 2014 yılında Dünya Kitap Dergisi “Yılın Yayınevi” Ödülü'ne layık görülmüştür.